Początki
Powszechnie uważa się, że archipelag maltański stanowił kiedyś część przesmyku łączącego Europę z Afryką. Prehistoryczne zwierzęta wykorzystywały ten pas lądu jako drogę ucieczki przed zlodowaceniem postępującym w Europie Północnej. Wiele z nich padło po drodze lub zostało uwięzionych przez wzbierające morze, które zamieniło przesmyk w łańcuch wysepek. Najlepszym dowodem tych wędrówek są pochodzące sprzed ponad 100 tys. lat szczątki takich wymarłych zwierząt, jak karłowate słonie i hipopotamy, odkryte w jaskini Ghar Dałam w pobliżu miejscowości Birzebbuga. Niewiele wiadomo o plemionach, które osiedliły się na wyspach maltańskich. Wśród kości zwierząt znalezionych w Ghar Dałam natrafiono również na kilka neandertalskich zębów sprzed ponad 40 tys. lat. Pewne dowody wskazują na istnienie znacznej populacji ludzi zamieszkujących groty wzdłuż urwistego wybrzeża. Wkrótce porzucili oni jaskiniowe życie, by przenieść się do wsi złożonych z niewielkich chatek.
Budowniczowie świątyń.
W czwartym tysiącleciu przed Chrystusem i na dobry tysiąc lat przed rozkwitem cywilizacji mi-nojskiej w Knossos na Krecie, mieszkańcy Malty budowali już ogromne megalityczne świątynie. Jako pierwszy powstał najprawdopodobniej kompleks Ggantija na wyspie Gozo, później zbudowano świątynie Mnajdra i Hagar Qim na głównej wyspie archipelagu. Podobnie jak Stonehenge w Wielkiej Brytanii, maltańskie świątynie, służące prehistorycznym obrzędom religijnym, zbudowano z masywnych skalnych bloków z wnękami na ołtarze i posągi. Budowla w Hagar Qim poszczycić się może kamieniem sięgającym 6 m długości, co dobitnie świadczy o technicznych umiejętnościach ówczesnych budowniczych. Te wspaniałe świątynie wznoszono z reguły na otwartych przestrzeniach.